有益菌進入土壤后，能分解土壤有機質變成植株可吸收的養分狀態。同時，有益菌還能利用數量優勢在土壤中迅速占位，讓有害菌處于抑制狀態，其代謝產物還具有修復受損根系的功能，因此，當根系受損前后使用有益菌也是非常好的選擇。由此可見，使用有益菌優勢非常多。
蔬菜從種子育苗到生長的全過程中，都可以使用微生物菌劑。尤其是蔬菜定植后，很多菜農會選擇沖施微生物菌劑，或者含有有益菌的肥料，但實際情況是連續多次使用后，并沒有出現應有的效果，甚至有時蔬菜還會表現出異常來。這是什么原因呢？菜農使用含有益菌的產品時，應注意哪些事項呢？
確保營養供給
正常情況下，蔬菜定植前，菜農底施有機肥量大。據了解，有機肥屬于緩效肥，需要經過有益菌復雜的分解后，才能變成植株能吸收的狀態。但這個過程中，有益菌也需要營養供給做保障。
一般來說，微生物組成自身的細胞需要吸收1份氮和5份碳，同時還需20份碳作為生命活動的能源，即微生物在生命活動過程中，需要有機質的碳氮比約為25:1。當有機殘體的碳氮比在25:1左右時，微生物活動最旺盛，分解速度也最快，分解釋放出的無機氮除被微生物吸收構成自己的身體外，還有多余的氮素存留在土壤中，才可供作物吸收。因此，使用有益菌后，在土壤有機質充足的前提下，農戶應注意補充氮源，保障有益菌能源。
保證有益菌數量優勢
有益菌施入土壤中，在保障數量的絕對優勢下，才能發揮其正常作用。那么，農戶在日常操作中，應盡量減少影響有益菌數量的操作。
殺菌劑不能與有益菌同時使用。尤其是細菌性藥劑會對有益菌有直接殺滅作用，而廣譜性真菌性藥劑也會對其有一定的影響作用。
使用殺菌劑7天~10天后，農戶可使用有益菌。此前，殺菌劑會殺滅土壤中的有害菌，正好為有益菌提供良好的土壤環境。相反，若使用順序顛倒，有益菌數量會迅速下降。
有益菌與肥料同時使用時，建議兩者分別稀釋、隨水沖施，切不可在同一罐中稀釋。一同沖施，較高濃度的肥料溶液也會影響有益菌的后續生命力。然后，有益菌使用時，不能直接接觸蔬菜根系，避免產生燒根情況。
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